熒光定量PCR 實驗步驟:
①取凍存已裂解的細胞,室溫放置5分鐘使其完全溶解。
②兩相分離 每1ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2ml的氯仿,蓋緊管蓋。手動劇烈振蕩管體15秒后,15到30℃孵育2到3分鐘。4℃下12000rpm離心15分鐘。離心后混合液體將分為下層的紅色酚氯仿相,中間層以及無色水相上層。RNA全部被分配于水相中。水相上層的體積大約是勻漿時加入的TRIZOL試劑的60%。
③RNA沉淀 將水相上層轉移到一干凈無RNA酶的離心管中。加等體積異丙醇混合以沉淀其中的RNA,混勻后15到30℃孵育10分鐘后,于4℃下12000rpm 離心10分鐘。此時離心前不可見的RNA沉淀將在管底部和側壁上形成膠狀沉淀塊。
④RNA清洗 移去上清液,每1mlTRIZOL試劑裂解的樣品中加入至少1ml的75%乙醇(75%乙醇用DEPCH2O配制),清洗RNA沉淀?;靹蚝螅础嫦拢罚埃埃埃颍穑黼x心5分鐘。
⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室溫空氣中干燥5-10分鐘。
⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA時,先加入無RNA酶的水40μl用槍反復吹打幾次,使其完全溶解,獲得的RNA溶液保存于-80℃待用?!。保┳贤馕辗y定
先用稀釋用的TE溶液將分光光度計調零。然后取少量RNA溶液用TE稀釋(1:100)后,讀取其在分光光度計260nm和280nm處的吸收值,測定RNA溶液 濃度和純度。
① 濃度測定
A260下讀值為1表示40 μg RNA/ml。樣品RNA濃度(μg/ml)計算公式為:A260 ×稀釋倍數× 40 μg/ml。具體計算如下:
RNA溶于40 μl?。模牛校盟?,?。担酰?,1:100稀釋至495μl的TE中,測得A260 =?。埃玻?/p>
RNA 濃度=?。埃玻薄 粒保埃啊 粒矗啊ˇ蹋纾恚臁。健。福矗啊ˇ蹋纾恚臁』颉。埃福础ˇ蹋纾蹋?/p>
?。担酰煊脕頊y量以后,剩余樣品RNA為35 μl,剩余RNA總量為:
35 μl × 0.84 μg/μl?。健。玻梗础ˇ蹋?/p>
②純度檢測
RNA溶液的A260/A280的比值即為RNA純度,比值范圍1.8到2.1。
2)變性瓊脂糖凝膠電泳測定
①制膠
1g瓊脂糖溶于72ml水中,冷卻至60℃,10?。恚斓模保啊痢。停希校与娪揪彌_液和18?。恚斓模常罚ァ〖兹┤芤海ǎ保玻场。停?。
10×MOPS電泳緩沖液
濃度 成分
0.4M?。停希校樱穑取。罚?/p>
0.1M 乙酸鈉
0.01M?。牛模裕?/p>
灌制凝膠板,預留加樣孔至少可以加入25 μl溶液。膠凝后取下梳子,將凝膠板放入電泳槽內,加足量的1×MOPS電泳緩沖液至覆蓋膠面幾個毫米。
②準備RNA樣品
取3μgRNA,加3倍體積的甲醛上樣染液,加EB于甲醛上樣染液中至終濃度為10μg/ml。加熱至70℃孵育15分鐘使樣品變性。
③電泳
上樣前凝膠須預電泳5min,隨后將樣品加入上樣孔。5–6V/cm電壓下2h,電泳至溴酚蘭指示劑進膠至少2–3cm。
④紫外透射光下觀察并拍照
28S和18S核糖體RNA的帶非常亮而濃(其大小決定于用于抽提RNA的物種類型),上面一條帶的密度大約是下面一條帶的2倍。還有可能觀察到一個更小稍微擴散的帶,它由低分子量的RNA(tRNA和5S核糖體RNA)組成。在18S和28S核糖體帶之間可以看到一片彌散的EB染色物質,可能是由mRNA和其它異型RNA組成。RNA制備過程中如果出現DNA污染,將會在28S核糖體RNA帶的上面出現,即更高分子量的彌散遷移物質或者帶,RNA的降解表現為核糖體RNA帶的彌散。用數碼照相機拍下電泳結果?!、俜磻w系 序號 反應物 劑量?。薄∧孓D錄buffer 2μl?。病∩嫌我铩。埃拨蹋臁。场∠掠我铩。埃拨蹋臁。础。洌危裕小。埃宝蹋臁。怠∧孓D錄酶MMLV 0.5μl?。丁。模牛校盟。郸蹋臁。贰。遥危聊0妗。拨蹋臁。浮】傮w積?。保唉蹋臁≥p彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
②混合液在加入逆轉錄酶MMLV 之前先70℃干?。撤昼?,取出后立即冰水浴至管內外溫度一致,然后加逆轉錄酶0.5μl,37℃水?。叮胺昼姟?/p>
③取出后立即95℃干?。撤昼姡玫侥孓D錄終溶液即為cDNA溶液,保存于-80℃待用?!」芗一颍é拢幔悖簦椋睿崟r定量PCR
①β-actin陽性模板的標準梯度制備 陽性模板的濃度為1011,反應前取3μl按10倍稀釋(加水27μl并充分混勻)為1010,依次稀釋至109、108、107、106、105、104,以備用。
②反應體系如下:
標準品反應體系 序號 反應物 劑量 1?。樱伲拢摇。牵颍澹澹睢。薄∪玖稀。保唉蹋臁。病£栃阅0迳嫌我铮啤。埃郸蹋臁。场£栃阅0逑掠我铮摇。埃郸蹋臁。础。洌危裕小。埃郸蹋臁。怠。裕幔衩浮。宝蹋臁。丁£栃阅0澹模危痢。郸蹋臁。贰。洌洌龋玻稀。常玻郸蹋臁。浮】傮w積?。担唉蹋臁≥p彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
管家基因反應體系: 序號 反應物 劑量?。薄。樱伲拢摇。牵颍澹澹睢。薄∪玖稀。保唉蹋臁。病葏⒄丈嫌我铮啤。埃郸蹋臁。场葏⒄障掠我铮摇。埃郸蹋臁。础。洌危裕小。埃郸蹋臁。怠。裕幔衩浮。宝蹋臁。丁〈郎y樣品cDNA?。郸蹋臁。贰。洌洌龋玻稀。常玻郸蹋臁。浮】傮w積?。担唉蹋臁≥p彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
③制備好的陽性標準品和檢測樣本同時上機,反應條件為:93℃2分鐘,然后93℃?。狈昼?,55℃ 2分鐘,共40個循環(huán)?!、籴槍γ恳恍枰獪y量的基因,選擇一確定表達該基因的cDNA模板進行PCR反應。
反應體系: 序號 反應物 劑量?。薄。保啊粒校茫揖彌_液?。玻怠。酰臁。病。停纾茫欤踩芤骸。保怠。酰臁。场∩嫌我铮啤。埃怠。酰臁。础∠掠我铮摇。埃怠。酰臁。怠。洌危裕谢旌弦骸。场。酰臁。丁。裕幔窬酆厦浮。薄。酰臁。贰。悖模危痢。薄。酰臁。浮〖铀量傮w積為?。玻担酰臁≥p彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
35個PCR循環(huán)(94℃1分鐘;55℃1分鐘;72℃1分鐘);?。罚病嫜由欤捣昼姟?/p>
②PCR產物與?。模危痢。蹋幔洌洌澹蛟冢玻キ傊悄z電泳,溴化乙錠染色,檢測PCR產物是否為單一特異性擴增條帶。
③將PCR產物進行10倍梯度稀釋: 設定PCR產物濃度為1×1010,依次稀釋至109、108、107、106、105、104幾個濃度梯度?!、偎校悖模危翗悠贩謩e配置實時定量 PCR反應體系。
體系配置如下: 序號 反應物 劑量?。薄。樱伲拢摇。牵颍澹澹睢。薄∪玖稀。保啊。酰臁。病∩嫌我铩。保酰臁。场∠掠我铩。保酰臁。础。洌危裕小。保酰臁。怠。裕幔窬酆厦浮。玻酰臁。丁〈郎y樣品cDNA?。担酰臁。贰。洌洌龋玻稀。常埃酰臁。浮】傮w積?。担啊。酰臁≥p彈管底將溶液混合,6000rpm短暫離心。
②將配制好的PCR反應溶液置于Realtime?。校茫覂x上進行PCR擴增反應。反應條件為:93℃2分鐘預變性,然后按93℃?。狈昼?,55℃1分鐘,72℃1分鐘,共40做個循環(huán),最后72℃7分鐘延伸?!「鳂悠返哪康幕蚝凸芗一蚍謩e進行Realtime?。校茫曳磻?。PCR產物與 DNA?。蹋幔洌洌澹蛟冢玻キ傊悄z電泳,GoldView染色,檢測PCR產物是否為單一特異性擴增條帶。
(文章來源于互聯(lián)網)